fuera del gabinete
azotado por la crítica, cansado y ansioso por reparar su fortuna privada, Hamilton dejó el gabinete el 31 de enero de 1795. Su influencia, como asesor no oficial, sin embargo, continuó tan fuerte como siempre. Washington y su gabinete lo consultaron sobre casi todos los asuntos de política. Cuando Washington decidió retirarse, se dirigió a Hamilton, pidiéndole su opinión sobre el mejor momento para publicar su despedida., Con la vista puesta en las próximas elecciones presidenciales, Hamilton aconsejó retener el anuncio hasta unos meses antes de la reunión de los electores presidenciales. Siguiendo ese consejo, Washington dio su discurso de despedida en septiembre de 1796. Hamilton redactó la mayor parte del discurso, y algunas de sus ideas fueron prominentes en él. En la elección, los líderes federalistas pasaron por alto las afirmaciones de Hamilton y nominaron a John Adams para la Presidencia y Thomas Pinckney para la vicepresidencia., Debido a que Adams no parecía dedicado a los principios hamiltonianos, Hamilton trató de manipular el colegio electoral con el fin de hacer Presidente Pinckney. Adams ganó las elecciones, y la intriga de Hamilton solo logró sembrar la desconfianza dentro de su propio partido. Sin embargo, la influencia de Hamilton en el gobierno continuó, ya que Adams retuvo el gabinete de Washington, y sus miembros consultaron a Hamilton sobre todos los asuntos de política, le dieron información confidencial, y en efecto instaron a sus políticas sobre el presidente.,
Cuando Francia rompió relaciones con los Estados Unidos, Hamilton defendió la firmeza, aunque no la guerra inmediata; sin embargo, después del fracaso de una misión de paz que el Presidente Adams había enviado a París en 1798, seguida de la publicación de despachos insultantes a la soberanía de los Estados Unidos, Hamilton quería colocar al país bajo las armas. Incluso creía que los franceses, con quienes los Estados Unidos ahora se involucraban en una guerra naval no declarada, podrían intentar invadir el país., Hamilton buscó el mando del nuevo ejército, aunque Washington sería su jefe titular. Adams se resistió a los deseos de Hamilton, pero en septiembre de 1798 Washington lo obligó a hacer a Hamilton segundo al mando del ejército, el inspector general, con el rango de Mayor general. Adams nunca perdonó a Hamilton por esta humillación. Hamilton quería liderar a su ejército en la Luisiana española y las Floridas y otros puntos al sur, pero nunca lo hizo. A través de la diplomacia independiente, Adams evitó que la disputa se extendiera y por orden del Congreso disolvió el ejército provisional., Hamilton renunció a su cargo en junio de 1800. Mientras tanto Adams había purgado su gabinete de aquellos a los que consideraba «espías de Hamilton».»
en represalia, Hamilton trató de evitar la reelección de Adams. En octubre de 1800 hizo circular en privado un ataque personal contra Adams, la conducta pública y el carácter de John Adams, Esq., Presidente de los Estados Unidos. Aaron Burr de Nueva York, el candidato republicano a vicepresidente y enemigo político de Hamilton, obtuvo una copia y la publicó., Hamilton se vio obligado a reconocer su autoría y a sacar a la luz su disputa con Adams, una disputa que reveló un cisma irreparable en el Partido Federalista. Thomas Jefferson y Aaron Burr ganaron las elecciones, pero, debido a que ambos habían recibido el mismo número de votos electorales, la elección entre ellos para el presidente fue arrojada a la Cámara de Representantes. Odiando a Jefferson, los federalistas querían tirar la elección a Burr. Hamilton ayudó a persuadirlos para que seleccionaran a Jefferson en su lugar., Al apoyar a su viejo enemigo Republicano, que ganó la presidencia, Hamilton perdió prestigio dentro de su propio partido y prácticamente terminó su carrera pública.