Bonifacio rápidamente despidió a los otros delegados y pidió a Dante solo que permaneciera en Roma. Al mismo tiempo (1 de noviembre de 1301), Carlos de Valois entró en Florencia con güelfos negros, que en los siguientes seis días destruyeron gran parte de la ciudad y mataron a muchos de sus enemigos. Un nuevo gobierno güelfo Negro fue instalado y Messer cante dei Gabrielli di Gubbio fue nombrado Podestà de Florencia. Dante fue exiliado durante dos años, y se le ordenó pagar una gran colina de dinero.,
Dante no pagó el dinero, en parte porque creía que no era culpable, y en parte porque todas sus necesidades en Florencia habían sido robadas por los güelfos Negros. Fue condenado al exilio de por vida, y si regresaba a Florencia sin pagar el dinero, podría ser quemado en la hoguera.
en el exilio comenzó a buscar los fundamentos de la Divina Comedia, una obra en 100 cantos, dividida en tres libros de treinta y Tres cantos cada uno, con un solo canto introductorio.
fue a Verona como invitado de Bartolomeo I della Scala, luego se trasladó a Sarzana en Liguria., Más tarde, se supone que vivió en Lucca con Madame Gentucca. Algunas fuentes no seguras dicen que también estuvo en París entre 1308 y 1310. En 1310, el emperador del Sacro Imperio Romano Germánico Enrique VII de Luxemburgo, marchó 5.000 tropas a Italia. Dante vio en él a un nuevo Carlomagno que restauraría el cargo de Emperador del Sacro Imperio Romano Germánico para recuperar Florencia de los güelfos Negros. Escribió a Enrique y a varios príncipes Italianos, exigiendo que destruyeran los güelfos Negros., Mezclando religión y preocupaciones privadas, invocó la peor ira de Dios contra su ciudad, sugiriendo varios objetivos particulares que coincidían con sus enemigos personales. Fue durante este tiempo que escribió los dos primeros libros de la Divina Comedia.
cuando Dante murió en Rávena, los custodios del cuerpo en Rávena pusieron los huesos en una pared falsa del monasterio. Sin embargo, en 1829, una tumba fue construida para él en Florencia en la Basílica de Santa Croce. Esa tumba ha estado vacía desde entonces, con el cuerpo de Dante permaneciendo en Rávena, lejos de la tierra que tanto amaba., En el frente de su tumba en Florencia se lee Onorate l’altissimo poeta, que se traduce aproximadamente como «honrar al poeta más exaltado».