El músculo cardíaco metaboliza principalmente la grasa para obtener energía y el metabolismo de acil-CoA se ha identificado como una molécula crítica en la insuficiencia de la bomba del músculo cardíaco en etapas tempranas.

el contenido de acil-CoA celular se correlaciona con la resistencia a la insulina, lo que sugiere que puede mediar la lipotoxicidad en tejidos no adiposos. Acil-CoA: la diacilglicerol aciltransferasa (DGAT) juega un papel importante en el metabolismo energético debido a la enzima clave en la biosíntesis de triglicéridos., El papel sintético de la DGAT en el tejido adiposo como el hígado y el intestino, sitios donde los niveles endógenos de su actividad y la síntesis de triglicéridos son altos y comparativamente claros. Además, cualquier cambio en los niveles de actividad podría causar cambios en la sensibilidad sistémica a la insulina y la homeostasis energética.

una enfermedad rara llamada deficiencia múltiple de acil-CoA deshidrogenasa (MADD) es un trastorno del metabolismo de ácidos grasos. El acil-CoA es importante porque esta enzima ayuda a producir acil-CoA a partir de ácidos grasos libres, y esto activa el ácido graso para ser metabolizado., Esta oxidación comprometida de ácidos grasos conduce a muchos síntomas diferentes, incluidos síntomas graves como cardiomiopatía y enfermedad hepática y síntomas leves como descomposición metabólica episódica, debilidad muscular e insuficiencia respiratoria. La MADD es un trastorno genético causado por una mutación en los genes ETFA, ETFB y ETFDH. MADD es conocido como un «trastorno autosómico recesivo» porque para conseguir este trastorno, uno debe recibir este gen recesivo de ambos padres.