Inkwizycja była rzymsko-katolickim Trybunałem do wykrywania i karania herezji, który charakteryzował się surowością przesłuchań i kar oraz brakiem praw przysługujących oskarżonym.

podczas gdy wielu ludzi kojarzy Inkwizycję z Hiszpanią i Portugalią, została ona faktycznie ustanowiona przez papieża Innocentego III (1198-1216) w Rzymie. Późniejszy papież Grzegorz IX ustanowił Inkwizycję w 1233 roku, aby zwalczać herezję Abilgenses, sekty religijnej we Francji., Do 1255 Inkwizycja była w pełnym biegu w całej Europie Środkowej i Zachodniej, chociaż nigdy nie została ustanowiona w Anglii i Skandynawii.

początkowo otwierał się Trybunał w miejscu i ogłaszał edykt łaski wzywający tych, którzy są świadomi herezji, do spowiedzi; po upływie okresu łaski funkcjonariusze Trybunału mogli wysuwać oskarżenia. Oskarżeni o herezję zostali skazani na auto de fe, akt wiary. Duchowni zasiadali na rozprawie i wydawali kary. Kary obejmowały uwięzienie w lochach, fizyczne znęcanie się i tortury., Ci, którzy pogodzili się z Kościołem, byli nadal karani, wielu konfiskowano ich mienie, a także wygnano z życia publicznego. Ci, którzy nigdy się nie przyznali, zostali spaleni na stosie bez uduszenia; ci, którzy się przyznali, zostali uduszeni jako pierwsi. W XVI i XVII wieku frekwencja w auto de fe osiągnęła tak wysoki poziom, jak frekwencja na walkach byków.

na początku Inkwizycja zajmowała się tylko Chrześcijańskimi heretykami i nie ingerowała w sprawy Żydów., Jednak spory o Księgi Majmonidesa (które dotyczyły syntezy judaizmu i innych kultur) stały się pretekstem do nękania Żydów i w 1242 Inkwizycja potępiła Talmud i spaliła tysiące tomów. W 1288 roku we Francji miało miejsce pierwsze masowe spalenie Żydów na stosie.

w 1481 roku w Hiszpanii rozpoczęła się inkwizycja, która ostatecznie przewyższyła średniowieczną Inkwizycję, zarówno pod względem zakresu, jak i intensywności. Conversos (tajni Żydzi) i nowi chrześcijanie byli celem ze względu na ich bliskie stosunki ze społecznością żydowską, z których wielu było Żydami w każdym imieniu, z wyjątkiem ich imienia., Obawa przed żydowskimi wpływami skłoniła królową Izabelę i króla Ferdynanda do napisania petycji do papieża z prośbą o pozwolenie na rozpoczęcie Inkwizycji w Hiszpanii. W 1483 Tomas de Torquemada został inkwizytorem generalnym większości Hiszpanii, ustanowił trybunały w wielu miastach. Na czele Inkwizycji w Hiszpanii stanęło również dwóch dominikańskich mnichów, Miguel de Morillo i Juan de San Martin.

najpierw aresztowali Conversosa i znane postaci w Sewilli; w Sewilli ponad 700 Conversów zostało spalonych na stosie, a 5000 pokutowało. Trybunały otwarto także w Aragonii, Katalonii i Walencji., W Ciudad Real powołano Trybunał inkwizycyjny, gdzie skazano 100 Conversów, a w 1485 przeniesiono go do Toledo. W latach 1486-1492 w Toledo przetrzymywano 25 auto de fes, 467 osób spalono na stosie, a pozostałych uwięziono. Inkwizycja ostatecznie dotarła do Barcelony, gdzie początkowo stawiała opór ze względu na ważne miejsce hiszpańskich Conversów w gospodarce i społeczeństwie.

w ciągu pierwszych 12 lat hiszpańskiej inkwizycji postawiono przed sądem ponad 13 000 Conversów., W 1492 r. Żydzi z Hiszpanii zostali wypędzeni, mając nadzieję na zlikwidowanie więzi między Wspólnotą żydowską a Conversos..

kolejny etap Inkwizycji rozpoczął się w Portugalii w 1536: Król Manuel I początkowo poprosił papieża Leona X o rozpoczęcie inkwizycji w 1515, ale dopiero po śmierci Leona w 1521 Papież Paweł III zgodził się na prośbę Manuela. Tysiące Żydów przybyło do Portugalii po wydaleniu w 1492 roku. Utworzono Inkwizycję w stylu hiszpańskim i utworzono trybunały w Lizbonie i innych miastach., Wśród Żydów, którzy zginęli z rąk Inkwizycji były znane postacie tego okresu, takie jak Isaac de Castro Tartas, Antonio Serrao de Castro i Antonio Jose da Silva. Inkwizycja nigdy nie ustała w Hiszpanii i trwała aż do końca XVIII wieku.

w drugiej połowie XVIII wieku Inkwizycja osłabła, z powodu szerzenia się oświeconych idei i braku środków. Ostatnie auto de Fe w Portugalii miało miejsce 27 października 1765 roku. Dopiero w 1808 roku, za panowania Józefa Bonaparte, Inkwizycja została zniesiona w Hiszpanii., Szacuje się, że na stosie spalono 31 912 heretyków, 17 659 spalono w effigy, a 291 450 zostało pojednanych w hiszpańskiej inkwizycji. W Portugalii sądzono około 40 000 spraw, chociaż tylko 1800 zostało spalonych, reszta złożyła pokutę.

Inkwizycja nie ograniczała się do Europy; rozprzestrzeniła się także na kolonie Hiszpańskie i portugalskie w Nowym Świecie i Azji. Wielu Żydów i Conversów uciekło z Portugalii i Hiszpanii do Nowego Świata w poszukiwaniu większego bezpieczeństwa i możliwości gospodarczych. Oddziały Portugalskiej Inkwizycji powstały w Goa i Brazylii., Trybunały Hiszpańskie i auto de fes powstały w Meksyku, na Wyspach Filipińskich, w Gwatemali, Peru, nowej Granadzie i na Wyspach Kanaryjskich. Pod koniec XVIII wieku większość z nich została rozwiązana.