Out of the cabinet
nękany krytyką, zmęczony i pragnący naprawić swój prywatny majątek, Hamilton opuścił gabinet 31 stycznia 1795 roku. Jego wpływy, jako nieoficjalnego doradcy, nadal jednak silne, jak zawsze. Waszyngton i jego gabinet konsultowali się z nim w prawie wszystkich sprawach polityki. Kiedy Waszyngton zdecydował się przejść na emeryturę, zwrócił się do Hamiltona, pytając go o najlepszy czas na opublikowanie pożegnania., Mając oko na nadchodzące wybory prezydenckie, Hamilton poradził wstrzymać ogłoszenie na kilka miesięcy przed spotkaniem elektorów prezydenckich. Po tej poradzie Waszyngton wygłosił przemówienie pożegnalne we wrześniu 1796 roku. Hamilton sporządził większość przemówienia, a niektóre z jego pomysłów były w nim widoczne. W wyborach przywódcy federaliści odrzucili roszczenia Hamiltona i nominowali Johna Adamsa na urząd prezydenta i Thomasa Pinckneya na urząd wiceprezydenta., Ponieważ Adams nie wydawał się oddany zasadom Hamiltona, Hamilton próbował manipulować kolegium wyborczym, aby uczynić Pinckneya prezydentem. Adams wygrał wybory, a intrydze Hamiltona udało się tylko zasiać nieufność w jego własnej partii. Wpływ Hamiltona w rządzie utrzymywał się jednak, gdyż Adams zachował gabinet Washingtona, a jego członkowie konsultowali się z Hamiltonem we wszystkich sprawach polityki, przekazywali mu poufne informacje, a w efekcie nakłaniali do polityki prezydenta.,
Kiedy Francja zerwała stosunki ze Stanami Zjednoczonymi, Hamilton opowiedział się za stanowczością, choć nie za natychmiastową wojną; jednak po niepowodzeniu misji pokojowej, którą prezydent Adams wysłał do Paryża w 1798 roku, a następnie publikacji depeszy obrażających suwerenność USA, Hamilton chciał umieścić kraj pod bronią. Uważał nawet, że Francuzi, z którymi Stany Zjednoczone zaangażowały się teraz w niezgłoszoną wojnę morską, mogą próbować zaatakować kraj., Hamilton starał się o dowództwo nad nową armią, chociaż Waszyngton miał być jej tytularnym szefem. Adams sprzeciwiał się pragnieniom Hamiltona, ale we wrześniu 1798 Waszyngton zmusił go do mianowania Hamiltona zastępcą dowódcy armii, inspektorem generalnym, ze stopniem generała majora. Adams nigdy nie wybaczył Hamiltonowi tego upokorzenia. Hamilton chciał poprowadzić swoją armię do hiszpańskiej Luizjany i Floridas i innych punktów na południe, ale nigdy tego nie zrobił. Dzięki niezależnej dyplomacji Adams powstrzymał spór przed rozprzestrzenianiem się i na rozkaz Kongresu rozwiązał tymczasową armię., Hamilton zrezygnował ze stanowiska w czerwcu 1800 roku. W międzyczasie Adams oczyścił swój gabinet z tych, których uważał za ” szpiegów Hamiltona.”
w odwecie Hamilton próbował zapobiec reelekcji Adamsa. W październiku 1800 r. prywatnie rozpowszechnił osobisty atak na Adamsa, publiczne zachowanie i charakter Johna Adamsa, Esq., Prezydent Stanów Zjednoczonych. Aaron Burr z Nowego Jorku, republikański kandydat na wiceprezydenta i polityczny wróg Hamiltona, uzyskał kopię i kazał ją opublikować., Hamilton został wówczas zmuszony do uznania jego autorstwa i ujawnienia sporu z Adamsem, który ujawnił nieodwracalną schizmę w Partii Federalistycznej. Thomas Jefferson i Aaron Burr wygrali wybory, ale ponieważ obaj otrzymali taką samą liczbę głosów wyborczych, wybór między nimi na prezydenta został oddany do Izby Reprezentantów. Nienawidząc Jeffersona, federaliści chcieli rzucić wybory do Burra. Hamilton pomógł im przekonać ich do wyboru Jeffersona., Wspierając swojego dawnego republikańskiego wroga, który zdobył prezydenturę, Hamilton stracił prestiż w swojej własnej partii i praktycznie zakończył karierę publiczną.