az inkvizíció egy római katolikus Törvényszék volt az eretnekség felfedezésére és büntetésére, amelyet a kihallgatás és büntetés súlyossága, valamint a vádlott számára biztosított jogok hiánya jellemzett.

bár sokan Spanyolországgal és Portugáliával társítják az inkvizíciót, valójában III.Ince pápa (1198-1216) vezette be Rómában. Gergely pápa 1233-ban létrehozta az inkvizíciót, hogy harcoljon az Abilgenses eretnekség ellen, egy vallási szekta Franciaországban., 1255-re az inkvizíció egész Közép-és Nyugat-Európában teljes sebességgel haladt; bár Angliában vagy Skandináviában soha nem vezették be.

Eredetileg a törvényszék nyílt helyen, s egy rendeletet a kegyelem lenne közzétett szólítja azokat, akik tudatában vannak eretnekség, hogy bevallom; azután, türelmi időt, a törvényszék tisztek lehet vádaskodni. Az eretnekséggel vádoltakat egy auto de fe-ben ítélték el, hitvallás. A lelkész ülne az eljáráson, és végrehajtaná a büntetéseket. A büntetések közé tartozott a börtönök bezárása, a fizikai bántalmazás és a kínzás., Azok, akik megbékéltek az egyházzal, még mindig büntettek, és sokan elkobozták vagyonukat, valamint száműzték a közéletből. Azok, akik soha nem vallottak be, fojtogatás nélkül égtek a máglyán; azokat, akik bevallották, először megfojtották. A 16. és 17. században az auto de fe-ben való részvétel olyan magas volt, mint a bikaviadalokon való részvétel.

kezdetben az inkvizíció csak a keresztény eretnekekkel foglalkozott, és nem avatkozott be a zsidók ügyeibe., Maimonidész könyveivel kapcsolatos viták (amelyek a judaizmus és más kultúrák szintézisével foglalkoztak) azonban ürügyet szolgáltattak a zsidók zaklatására, és 1242-ben az inkvizíció elítélte a Talmudot, és több ezer kötetet elégetett. 1288-ban Franciaországban került sor a zsidók első tömeges égetésére a téten.

1481-ben az inkvizíció Spanyolországban kezdődött, és végül mind terjedelmében, mind intenzitásában felülmúlta a középkori inkvizíciót. A Conversos (titkos zsidók) és az új keresztények a zsidó közösséggel való szoros kapcsolatuk miatt voltak célpontok, akik közül sokan a nevükön kívül zsidók voltak., A zsidó befolyástól való félelem arra késztette Izabella királyt és Ferdinánd királyt, hogy írjanak egy petíciót a pápának, amelyben engedélyt kérnek az inkvizíció megkezdésére Spanyolországban. 1483-ban Tomas de Torquemada Spanyolország nagy részének inkvizítor-tábornoka lett, számos városban törvényszékeket állított fel. A spanyol inkvizíció élén két Dominikai szerzetes, Miguel de Morillo és Juan de San Martin állt.

először Sevillában tartóztatták le Conversost és neves figurákat; Sevillában több mint 700 Conversót gyújtottak fel a máglyán és 5000 megbánást tanúsítottak. Aragóniában, Katalóniában és Valenciában is megnyitották a törvényszékeket., Az inkvizíciós Bíróságot Ciudad Realban hozták létre, ahol 100 Conversost ítéltek el, és 1485-ben Toledóba helyezték át. 1486-1492 között Toledóban 25 auto de fes-t tartottak, 467 embert máglyán égettek el, másokat bebörtönöztek. Az inkvizíció végül eljutott Barcelonába, ahol először ellenállt, mert a spanyol társalgók fontos helyet foglaltak el a gazdaságban és a társadalomban.

a spanyol inkvizíció első 12 évében több mint 13 000 Conversos került bíróság elé., Abban a reményben, hogy megszünteti a kapcsolatot a zsidó közösség és Conversos, a zsidók a spanyol kiutasították 1492-ben..

az inkvizíció következő szakasza Portugáliában kezdődött 1536 – ban: I. Manuel király kezdetben felkérte X. Leó pápát, hogy 1515-ben kezdjen inkvizíciót, de csak Leo 1521-es halála után fogadta el III.Pál Pápa Manuel kérését. Zsidók ezrei érkeztek Portugáliába az 1492-es kiutasítás után. Spanyol stílusú inkvizíciót hoztak létre, és törvényszékeket hoztak létre Lisszabonban és más városokban., Az inkvizíció idején elhunyt zsidók között olyan ismert személyiségek is voltak, mint Isaac De Castro Tartas, Antonio Serrao de Castro és Antonio Jose da Silva. Az inkvizíció soha nem állt meg Spanyolországban, és a 18. század végéig folytatódott.

a 18.század második felére az inkvizíció a felvilágosult eszmék terjedése és az erőforrások hiánya miatt abbamaradt. Az utolsó auto de fe Portugáliában 1765.október 27-én került sor. Csak 1808-ban, Joseph Bonaparte rövid uralkodása alatt, az inkvizíció megszűnt Spanyolországban., Becslések szerint 31 912 eretneket égettek máglyán, 17 659-et égettek meg képmásban, 291 450-et pedig a spanyol Inkvizícióban. Portugáliában mintegy 40 000 esetet próbáltak ki, bár csak 1800 égett, a többi bűnbánatot tett.

az inkvizíció nem korlátozódott Európára; az Újvilágban és Ázsiában spanyol és portugál gyarmatokra is átterjedt. Sok zsidó és Conversos Portugáliából és Spanyolországból menekült az új világba, nagyobb biztonságot és gazdasági lehetőségeket keresve. A portugál inkvizíció ágait Goában és Brazíliában hozták létre., Spanyol törvényszékeket és auto de fes-t hoztak létre Mexikóban, a Fülöp-szigeteken, Guatemalában, Peruban, új-Granadában és a Kanári-szigeteken. A 18. század végére ezek többsége feloldódott.