a kabinetből
a kritika, fáradt és a magánvagyona javítására törekvő Hamilton 1795.január 31-én hagyta el a kabinetet. Befolyása, mint nem hivatalos tanácsadó, azonban, továbbra is olyan erős, mint valaha. Washington és kabinetje szinte minden politikai kérdésben egyeztetett vele. Amikor Washington úgy döntött, hogy visszavonul, Hamiltonhoz fordult, kérve véleményét arról, hogy a legjobb idő a búcsú közzétételére., A közelgő elnökválasztás szemével Hamilton azt tanácsolta, hogy tartsa vissza a bejelentést néhány hónappal az elnökválasztók ülése előtt. Ezt a tanácsot követően Washington 1796 szeptemberében adta búcsúbeszédét. Hamilton megfogalmazta a cím nagy részét, és néhány elképzelése kiemelkedő volt benne. A választásokon a föderalista vezetők felülkerekedtek Hamilton követelésein, és John Adams-t jelölték az elnökségre, Thomas Pinckney-t pedig az alelnöki posztra., Mivel Adams nem tűnt elkötelezettnek Hamilton elveihez, Hamilton megpróbálta manipulálni a választási főiskolát, hogy Pinckney elnök legyen. Adams megnyerte a választást, Hamilton intrikája csak a saját pártján belüli bizalmatlanságot váltotta ki. Hamilton befolyása a kormányban azonban folytatódott, mivel Adams megtartotta Washington kabinetjét, tagjai pedig minden politikai kérdésben konzultáltak Hamiltonnal, bizalmas információkat adtak neki, és valójában sürgették az elnökkel kapcsolatos politikáját.,
Amikor Franciaország megszegte kapcsolatok az Egyesült Államokkal, Hamilton állt a keménység, bár nem közvetlen a háború; azonban kudarca után a béke feladata, hogy az Elnök Adams volt, Párizsba küldték, 1798-ban, majd a kiadvány a kiszállítások sértő AMERIKAI szuverenitás, Hamilton akarta, hogy az ország fegyverben. Még azt is hitte, hogy a franciák, akikkel az Egyesült Államok most be nem jelentett haditengerészeti háborúba kezdett, megpróbálhatják behatolni az országba., Hamilton az új hadsereg parancsnokságát kereste, bár Washington lenne a címzetes feje. Adams ellenállt Hamilton vágyainak, de 1798 szeptemberében Washington arra kényszerítette, hogy Hamiltont a hadsereg, a főfelügyelő parancsnokává tegye vezérőrnagyi rangjával. Adams sosem bocsátotta meg Hamiltonnak ezt a megaláztatást. Hamilton a spanyol Louisianába, a Floridába és más déli pontokra akarta vezetni seregét, de nem tette meg. A független diplomácia révén Adams megakadályozta a veszekedés terjedését, és a Kongresszus parancsára feloszlatta az ideiglenes hadsereget., Hamilton 1800 júniusában lemondott megbízatásáról. Időközben Adams megtisztította kabinetjét azoktól, akiket “Hamilton kémeinek” tekintett.”
megtorlásként Hamilton megpróbálta megakadályozni Adams újraválasztását. 1800 októberében személyes támadást intézett Adams ellen, John Adams nyilvános viselkedéséért és karakteréért, az Esq-ért., Az Egyesült Államok elnöke. A New York-i Aaron Burr, a republikánus alelnökjelölt és Hamilton politikai ellensége másolatot kapott, és közzétette., Hamilton ekkor kénytelen volt elismerni szerzőségét, és nyílt vitába bocsátkozni Adams-szel, egy viszályba, amely helyrehozhatatlan szakadást tárt fel a föderalista pártban. Thomas Jefferson és Aaron Burr nyerte a választást, de mivel mindketten ugyanannyi szavazatot kaptak, az elnökjelöltek közötti választás a Képviselőházba került. Gyűlölve Jeffersont, a föderalisták Burrba akarták dobni a választást. Hamilton segített meggyőzni őket, hogy inkább Jeffersont válasszák., Azzal, hogy támogatta az elnökséget megnyerő régi republikánus ellenfelét, Hamilton elvesztette tekintélyét saját pártján belül, és gyakorlatilag véget vetett közéleti karrierjének.