relația dintre HLA-B27 și multe boli nu a fost încă pe deplin elucidată. Deși este asociat cu o gamă largă de patologie, în special spondiloartropatia seronegativă, nu pare a fi singurul mediator în dezvoltarea bolii. De exemplu, în timp ce 90% dintre persoanele cu spondilită anchilozantă (AS) sunt HLA-B27 pozitive, doar o mică parte din persoanele cu HLA-B27 se dezvoltă vreodată ca. Persoanele care sunt HLA-B27 pozitive sunt mai susceptibile de a experimenta debutul precoce decât indivizii negativi HLA-B27., Există gene suplimentare fiind descoperit că, de asemenea, predispun la AS și boli asociate. În plus, există potențiali factori de mediu (declanșatori) care pot juca, de asemenea, un rol în indivizii susceptibili.datorită asocierii sale puternice cu spondiloartropatiile, HLA-B27 este cea mai studiată alelă HLA-B. Nu este foarte clar modul în care HLA-B27 influențează boala, cu toate acestea, există unele teorii predominante cu privire la mecanismul. Teoriile pot fi împărțite între categoriile dependente de antigen și cele independente de antigen.,aceste teorii consideră o combinație specifică de secvență de peptide antigen și canelura de legare (buzunarul B) al HLA-B27 (care va avea proprietăți diferite de celelalte alele HLA-B). Ipoteza peptidei artritogene sugerează că HLA-B27 are o capacitate unică de a lega antigene de la un microorganism care declanșează un răspuns al celulelor T CD8 care apoi reacționează încrucișat cu o pereche HLA-B27/auto-peptidă. Mai mult, s-a demonstrat că HLA-B27 poate lega peptidele la suprafața celulei., Ipoteza mimicii moleculare este similară, totuși sugerează că reactivitatea încrucișată între unele antigene bacteriene și auto-peptida poate rupe toleranța și poate duce la autoimunitate.aceste teorii se referă la proprietățile biochimice neobișnuite pe care le are HLA-B27. Ipoteza greșită sugerează că plierea lentă în timpul plierii structurii terțiare a HLA-B27 și asocierea cu microglobulina β2 determină ca proteina să fie rătăcită, inițiind astfel răspunsul proteic desfășurat (UPR) – un răspuns de stres endoplasmatic pro-inflamator (ER)., Cu toate acestea, deși acest mecanism a fost demonstrat atât in vitro, cât și la animale, există puține dovezi ale apariției acestuia în spondiloartrita umană. De asemenea, ipoteza formării homodimerului cu lanț greu HLA-B27 sugerează că lanțurile grele B27 tind să dimerizeze și să se acumuleze în ER, încă o dată, inițiind UPR. Alternativ, de pe suprafața celulei B27 lanțuri grele și dimeri poate lega de reglementare receptorii sistemului imunitar, cum ar fi membrii de mobil criminal imunoglobuline-ca receptor de familie, care promovează supraviețuirea și diferențierea de pro-inflamatorii leucocite în boală.,
Unul mai misfolding teorie, publicat în 2004, propune ca β2 microglobulină-gratuit lanțuri grele de HLA-B27 se supună unei facile modificare conformațională în care capătul C-terminal al domeniului 2 (constând dintr-un lung helix) devine obiectul unui helix-bobina de tranziție implică reziduuri 169-181 de lanțul greu, din cauza conformaționale libertatea nou cu experiență de domeniu 3 din lanțul greu atunci când nu mai este legat de lanț ușor (de exemplu, β2 microglobulina) și datorită consecință rotație în jurul vertebrală diedru unghiuri de reziduuri 167/168., Propunerea de tranziție conformațională este gandit pentru a permite nou-generate spiralat regiune (încorporarea reziduurilor ‘RRYLENGKETLQR’ care au fost, de asemenea, găsite de a fi în mod natural obligate să HLA-B27 ca un 9-mer peptide) pentru a lega să fie peptide-obligatoriu despicat de același lanț polipeptidic (într-un act de auto-display) sau despicat de un alt lanț polipeptidic (într-un act de cross-display). Se propune ca afișarea încrucișată să conducă la formarea de agregate mari, solubile, cu greutate moleculară mare (HMW), rezistente la degradare, cu durată lungă de viață a lanțului greu HLA-B27., Împreună cu orice homodimers format fie prin cross-afișare sau de o disulfură legate homodimerization mecanism, se propune ca astfel de HMW agregate supraviețuiască pe suprafața celulei fără a suferi o degradare rapidă, și de a stimula un răspuns imun., Trei caracteristici observate anterior ale HLA-B27, care o deosebesc de alte lanțuri grele, stau la baza ipotezei : (1) HLA-B27 a fost găsit a fi legat de peptide mai lungi decât 9-mers, sugerând că cleftul poate găzdui un lanț polipeptidic mai lung; (2) HLA-B27 a fost găsit să conțină o secvență care a fost, de asemenea, de fapt descoperit a fi legat de HLA-B27, pe suprafețele celulare.