hjertemuskelen primært metabolizes fett for energi og Acyl-CoA metabolismen har blitt identifisert som en viktig molekyl i tidlig stadium hjertemuskelen pumpesvikt.

Cellular acyl-CoA innhold er forbundet med insulinresistens, noe som tyder på at det kan megle lipotoxicity i ikke-adipose vev. Acyl-CoA: diacylglycerol acyltransferase (DGAT) spiller en viktig rolle i energiomsetningen på grunn av viktig enzym i triglyserid biosyntese., Den syntetiske rollen DGAT i fettvev, for eksempel leveren og tarmen, områder hvor endogene nivåer av sin aktivitet og triglyserid syntese er høy og relativt klart. Også eventuelle endringer i aktivitetsnivå kan føre til endringer i systemisk insulinfølsomhet og energi homeostase.

En sjelden sykdom som kalles flere acyl-CoA dehydrogenase-mangel (MADD) er en fatty acid metabolism lidelse. Acyl-CoA er viktig fordi dette enzymet hjelper til med å gjøre Acyl-CoA fra frie fettsyrer, og dette aktiverer den fatty acid til å bli metabolisert., Dette kompromittert fettsyrer oksidasjon som fører til mange forskjellige symptomer, inkludert alvorlige symptomer som kardiomyopati og leversykdom og milde symptomer som episodisk metabolske nedbrytning, muskel svakhet og respiratorisk svikt. MADD er en genetisk lidelse, forårsaket av en mutasjon i ETFA, ETFB, og ETFDH gener. MADD er kjent som en «autosomal recessiv lidelse» fordi for en å få denne lidelsen, må man motta denne resessivt gen fra begge foreldre.