HLA-B27と多くの疾患との関係はまだ完全には解明されていない。 それは病理学、特に血清陰性のspondyloarthropathyの広い範囲と関連付けられるけれども、病気の開発の唯一の仲介者でないようではないです。 例えば、強直性脊椎炎（AS）を有する人々の90％がHLA-B27陽性であるが、HLA-B27を有する人々のごく一部のみがASを発症する。 Hla-B27陽性の人は、HLA-B27陰性の人よりも早期発症を経験する可能性が高い。, また、ASおよび関連疾患に素因となる追加の遺伝子が発見されている。 さらにまた敏感な個人の役割を担うかもしれない潜在的な環境要因(トリガー)があります。

病理学的機序編集

脊椎関節症との強い関連のために、HLA-B27は最も研究されたHLA-B対立遺伝子である。 でも必ずしも明確にはなっていない方はHLA-B27影響疾患、が含まれているものもあ価の理論としての機構。 理論は抗原依存性と抗原非依存性のカテゴリーに分けることができます。,

抗原依存性理論

これらの理論は、抗原ペプチド配列とHLA-B27の結合溝（Bポケット）の特定の組み合わせ（他のHLA-B対立遺伝子とは異なる特性を有する）を 関節原性ペプチド仮説は、HLA-B27がCD8T細胞応答を引き起こし、HLA-B27/自己ペプチド対と交差反応する微生物由来の抗原に結合するユニークな能力を有することを示唆している。 さらに、HLA-B27は細胞表面でペプチドを結合することができることが示されている。, 分子模倣仮説は類似しているが，いくつかの細菌抗原と自己ペプチドとの間の交差反応性が寛容を破り，自己免疫につながることを示唆している。

抗原非依存性理論

これらの理論は、HLA-B27が有する珍しい生化学的特性を指す。 ミスフォールディング仮説は、HLA-B27の三次構造の折りたたみとβ2ミクログロブリンとの関連の間に遅い折りたたみがタンパク質を折りたたみ、したがって、炎症性小胞体（ER）ストレス応答であるアンフォールドタンパク質応答（UPR）を開始することを示唆している。, しかし、このメカニズムは、in vitroおよび動物の両方で実証されているが、ヒト脊椎関節炎におけるその発生の証拠はほとんどない。 また、HLA-B27重鎖ホモ二量体形成仮説は、B27重鎖が二量化してERに蓄積する傾向があり、再びUPRを開始することを示唆している。 あるいは、細胞表面B27重鎖および二量体は、キラー細胞免疫グロブリン様受容体ファミリーのメンバーなどの調節性免疫受容体に結合し、疾患における炎症性白血球の生存および分化を促進することができる。,

2004年に発表されたもう一つのミスフォールディング理論は、hla-B27のβ2ミクログロブリンを含まない重鎖は、ドメイン2のC末端（長いヘリックスからなる）が重鎖の169-181残基を含むヘリックスコイル遷移の対象となることを提案している（β2ミクログロブリン）。残基の二面角167/168。, 提案された立体配座遷移は、新たに生成されたコイル領域（hla-B27に9-merペプチドとして自然に結合することが見出されている残基”RRYLENGKETLQR”を組み込む）が、同じポリペプチド鎖のペプチド結合裂（自己表示の行為）または別のポリペプチド鎖の裂け目（クロスディスプレイの行為）のいずれかに結合することを可能にすると考えられている。 クロスディスプレイは、hla-B27重鎖の大きな、可溶性、高分子量（HMW）、分解耐性、長い生存凝集体の形成につながることが提案されている。, クロスディスプレイまたはジスルフィド結合ホモ二量化機構のいずれかによって形成された任意のホモ二量化と一緒に、そのようなＨＭＷ凝集体は、急速な分解を受けることなく、細胞表面上で生き残り、免疫応答を刺激することが提案されている。, 他の重鎖と区別するhla-B27の三つの特徴は、(1)HLA-B27が9-mersよりも長いペプチドに結合していることが判明し、裂け目がより長いポリペプチド鎖を収容できることを示唆している、(2)HLA-B27自体が独立したペプチドとしてHLA-B27に結合することが実際に発見されている配列を含んでいることが判明している、(3)hla-B27がβ2ミクログロブリンを欠いていることが細胞表面に見られているという仮説の基礎となっている。