July1,2010メリーランド大学生物物理学者Devarajan(Dave)ThirumalaiとJie Chenとともに、転写プロセスがどのように開始され、RNAポリメラーゼがこれを実現する上で果たす役割についての新しい洞察を提供している。, マルチサブユニットRNAポリメラーゼの配列、構造、および機能は、細菌からヒトまでのすべての生物において普遍的に保存されているため、細菌遺伝子転写のメカニズムを理解することは、疾患における遺伝学の役割を解読する上で重要なステップである。,
“以前は、転写を開始するRNAポリメラーゼの正確な役割を知らなかった”と著名な大学教授Dave Thirumalai（化学生化学科、物理科学技術研究所）は説明しますが、転写バブルを形成し、dnaを曲げて活性部位へのDNAの侵入を促進する過程で重要な役割を果たしていることを示しました。 それは我々が計算上記述したプロセスである。”
細菌RNAポリメラーゼにおける転写開始段階の彼らのシミュレーションは、三段階のプロセスを示した。, これは、RNAポリメラーゼがDNAの転写促進領域と結合するときに始まります。 RNAポリメラーゼとの相互作用により、DNAヘリックスは巻き戻され、露出したDNA配列へのポリメラーゼアクセスが転写を開始することを可能にする開いた”バブル”を形成する。 その後、DNA分子は曲がり、開口部によって生成されるストレスを緩和する。
化学物理プログラムの大学院生としてこの研究を行ったJie Chen博士は、Thirumalai博士の研究室で開発されたブラウン力学ベースのコンピュータモデルを用いて転写気泡形成をシミュレートした。, “この分子ムービーを作成することで、RNAPのダイナミクスを見て、ある構造から別の構造にどのように移行するかをシミュレートすることができます”とChen “シミュレーションを確認実験観測、さらに明確にして活発な役割を果たRNAポリメラーゼをターゲット.”
Thirumalai博士の研究グループは、細菌における転写過程の第二段階を見て、またヒト転写のモデルを通じてRNAポリメラーゼを研究し続けています。