Inkvizice byl Římský Katolík tribunálu pro objevení a trestání kacířství, který byl poznamenán závažnosti výslechu a trestu a nedostatek práva, která obviněn.

zatímco mnoho lidí spojuje inkvizici se Španělskem a Portugalskem, ve skutečnosti ji zavedl Papež Innocent III (1198-1216) v Římě. Pozdější papež, papež Gregory IX založil inkvizici, v 1233, bojovat proti kacířství Abilgenses, náboženská sekta ve Francii., Do roku 1255 byla inkvizice v plné výbavě po celé střední a západní Evropě; ačkoli to nebylo nikdy zavedeno v Anglii nebo Skandinávii.

Zpočátku soudu by se otevřít v místě a edikt milosti by být zveřejněný volání na ty, kteří jsou při vědomí kacířství přiznat; po dobu odkladu, soud důstojníci mohli vznést obvinění. Ti, kteří byli obviněni z kacířství, byli odsouzeni na auto de fe, akt víry. Duchovní zasedal v řízení a trestával. Tresty zahrnovaly uvěznění v žalářích, fyzické zneužívání a mučení., Ti, kteří se smířili s církví, byli stále potrestáni a mnozí měli zabavený majetek, stejně jako byli vyhnáni z veřejného života. Ti, kteří se nikdy nepřiznali, byli spáleni na hranici bez uškrcení; ti, kteří se přiznali, byli nejprve uškrceni. Během 16. a 17. století dosáhla účast na auto de fe stejně vysoké jako účast na býčích zápasech.

Na začátku se inkvizice zabývala pouze křesťanskými kacíři a nezasahovala do záležitostí Židů., Nicméně, spory o Maimonides’ knihy (které řeší syntézu Judaismu a jiných kultur) poskytla záminku k obtěžování Židů a v roce 1242, Inkvizice odsoudil Talmud a spálili tisíce svazků. V roce 1288 došlo ve Francii k prvnímu masovému spálení Židů na kůlu.

v roce 1481 začala inkvizice ve Španělsku a nakonec překonala středověkou inkvizici v rozsahu i intenzitě. Převádí (Tajemství Židů) a Nové Křesťané byli terčem kvůli své úzké vztahy k Židovské komunity, z nichž mnozí byli Židé ve všech, ale jejich jméno., Strach z židovského vlivu vedl královnu Isabellu a krále Ferdinanda k napsání petice papeži s žádostí o povolení zahájit inkvizici ve Španělsku. V roce 1483 se Tomáš de Torquemada stal inkvizitorem-generálem pro většinu Španělska, stanovil tribunály v mnoha městech. V čele inkvizice ve Španělsku byli také dva dominikánští mniši, Miguel de Morillo a Juan de San Martin.

nejprve zatkli Conversos a významné osobnosti v Seville; v Seville bylo spáleno více než 700 Konverzů a 5 000 pokání. Tribunály byly také otevřeny v Aragonu, Katalánsku a Valencii., V Ciudad Real byl zřízen inkviziční Tribunál, kde bylo odsouzeno 100 Konverzů a v roce 1485 byl přesunut do Toleda. V letech 1486-1492 bylo v Toledu drženo 25 aut de fes, 467 lidí bylo upáleno na kůlu a další byli uvězněni. Inkvizice se nakonec dostala do Barcelony, kde se nejprve bránila kvůli důležitému místu španělských konverzací v ekonomice a společnosti.

během prvních 12 let španělské inkvizice bylo souzeno více než 13 000 konverzací., V naději, že odstraní vazby mezi židovskou komunitou a Conversosem, byli španělští Židé vyloučeni v roce 1492..

další fáze Inkvizice začala v Portugalsku v roce 1536: Král Manuel I původně požádal Papež lev X. pro zahájení vyšetřování v roce 1515, ale pouze po leově smrti v roce 1521 udělal Papež Pavel III souhlasit Manuel žádost. Tisíce Židů přišly do Portugalska po vyhnání v roce 1492. Byla vytvořena inkvizice španělského stylu a v Lisabonu a dalších městech byly zřízeny tribunály., Mezi Židy, kteří zemřeli v rukou inkvizice, byly známé osobnosti období, jako jsou Isaac de Castro Tartas, Antonio Serrao de Castro a Antonio Jose da Silva. Inkvizice se ve Španělsku nikdy nezastavila a pokračovala až do konce 18.století.

do druhé poloviny 18. století inkvizice ustoupila kvůli šíření osvícených myšlenek a nedostatku zdrojů. Poslední auto de fe v Portugalsku se konalo 27. října 1765. Až v roce 1808, během krátké vlády Josefa Bonaparta, byla inkvizice zrušena ve Španělsku., Odhaduje se, 31,912 byli kacíři upáleni na hranici, 17,659 byly spáleny v krematoriu, a 291,450 vyrobeny odsouhlasení ve španělské Inkvizice. V Portugalsku bylo souzeno asi 40 000 případů, i když bylo spáleno pouze 1 800, zbytek pokání.

inkvizice se neomezovala pouze na Evropu; rozšířila se také do španělských a portugalských kolonií v novém světě a Asii. Mnoho Židů a Převádí uprchl z Portugalska a Španělska do Nového Světa, usiluje o větší bezpečnost a ekonomické příležitosti. Pobočky portugalské inkvizice byly zřízeny v Goa a Brazílii., Španělské tribunály a auto de fes byly zřízeny v Mexiku, Filipínských ostrovech, Guatemale, Peru, nové Granadě a Kanárských ostrovech. Koncem 18. století byla většina z nich rozpuštěna.