z vlády
Připoutá kritiku, unavený a nervózní na opravu svého soukromého jmění, Hamilton opustil kabinet 31. ledna 1795. Jeho vliv, jako neoficiální poradce, však pokračoval stejně silný jako vždy. Washington a jeho kabinet ho konzultovali téměř ve všech otázkách politiky. Když se Washington rozhodl odejít do důchodu, obrátil se na Hamiltona a požádal jeho názor o nejlepší čas na zveřejnění jeho rozloučení., S jeho oko na nadcházejících prezidentských volbách, Hamilton poradil, nepodání oznámení až několik měsíců předtím, než setkání prezidentských volitelů. Na základě této rady SE Washington rozloučil v září 1796. Hamilton draftoval většinu adresy a některé jeho myšlenky byly v něm prominentní. Ve volbách Federalističtí vůdci předali Hamiltonovy nároky a nominovali Johna Adamse na předsednictví a Thomase Pinckneyho na viceprezidentství., Protože Adams neprokázalo věnována Hamiltonian principy, Hamilton se snažil zmanipulovat volební komise tak, aby Pinckney prezident. Adams vyhrál volby a Hamiltonův intrik uspěl pouze v zasetí nedůvěry v jeho vlastní stranu. Hamilton vliv ve vládě pokračoval, nicméně, pro Adams zachován Washington kabinet a jeho členy konzultovány Hamilton o všech záležitostech politických, dal mu důvěrné informace, a v podstatě vyzval své politiky na prezidenta.,
Kdy Francie zlomil vztahy se Spojenými Státy, Hamilton stál na pevnost, i když ne okamžitou válku; nicméně, po selhání mírové mise, že Prezident Adams poslal do Paříže v roce 1798, následuje zveřejnění depeší uráží AMERICKÉ suverenity, Hamilton chtěl místo na zemi pod paží. Dokonce věřil, že Francouzi, s nimiž se Spojené státy nyní zapojily do nehlášené námořní války, by se mohli pokusit napadnout Zemi., Hamilton hledal velení nové armády, ačkoli Washington by byl jeho titulární hlavou. Adams bránil Hamilton touhy, ale v září 1798 Washington přinutil ho, aby se Hamilton druhý ve velení armády, generální inspektor, s hodností generálmajora. Adams nikdy neodpustil Hamiltonovi za toto ponížení. Hamilton chtěl vést svou armádu do španělské Louisiany a Floridas a dalších bodů na jih, ale nikdy to neudělal. Prostřednictvím nezávislé diplomacie Adams zabránil šíření hádky a na příkaz Kongresu rozpustil prozatímní armádu., Hamilton rezignoval na svou funkci v červnu 1800. Mezitím Adams očistil svůj kabinet od těch, které považoval za „Hamiltonovy špiony“.“
V odvetě se Hamilton snažil zabránit Adamsovu znovuzvolení. V říjnu 1800 soukromě šířil osobní útok na Adamse, Veřejné chování a charakter Johna Adamse, Esq., Prezident Spojených států. Aaron Burr z New Yorku, Republikánský kandidát na viceprezidenta a Hamiltonův politický nepřítel, získal kopii a nechal ji zveřejnit., Hamilton byl pak nucen uznat jeho autorství a přivést jeho hádku s Adamsem na otevřené, spor, který odhalil nenapravitelné schizma ve federalistické straně. Thomas Jefferson a Aaron Burr vyhráli volby, ale protože oba obdrželi stejný počet volebních hlasů, byla volba mezi nimi pro prezidenta obsazena do Sněmovny reprezentantů. Nenávidět Jeffersona, federalisté chtěli hodit volby Burrovi. Hamilton jim pomohl přesvědčit, aby místo toho vybrali Jeffersona., Podporou svého starého republikánského nepřítele, který získal předsednictví, Hamilton ztratil prestiž ve své vlastní straně a prakticky ukončil svou veřejnou kariéru.