srdeční sval primárně metabolizuje tuk na energii a metabolismus Acyl-CoA byl identifikován jako kritická molekula v počáteční fázi selhání pumpy srdečního svalu.

obsah buněčné acyl-CoA koreluje s inzulínovou rezistencí, což naznačuje, že může zprostředkovat lipotoxicitu v nemádových tkáních. Acyl-CoA: diacylglycerol acyltransferáza (DGAT) hraje důležitou roli v energetickém metabolismu z důvodu klíčového enzymu v biosyntéze triglyceridů., Syntetická role DGAT v tukové tkáni, jako jsou játra a střeva, místa, kde jsou endogenní hladiny jeho aktivity a syntéza triglyceridů vysoké a poměrně jasné. Také jakékoli změny hladin aktivity mohou způsobit změny systémové citlivosti na inzulín a energetické homeostázy.

vzácné onemocnění zvané vícenásobný nedostatek acyl-CoA dehydrogenázy (MADD) je porucha metabolismu mastných kyselin. Acyl-CoA je důležitá, protože tento enzym pomáhá vyrábět Acyl-CoA z volných mastných kyselin, což aktivuje metabolizovanou mastnou kyselinu., Tento trojan oxidace mastných kyselin vede k mnoha různých příznaků, včetně závažných příznaků, jako jsou kardiomyopatie a onemocnění jater a mírné příznaky, jako epizodické metabolický rozklad, svalová slabost a respirační selhání. MADD je genetická porucha způsobená mutací v genech ETFA, ETFB a ETFDH. MADD je známý jako „autozomálně recesivní porucha“, protože pro jednoho, aby se tato porucha, je nutné přijmout tento recesivní gen od obou rodičů.